自从歼灭第十二使徒夜天使后，上条他们又开始了短暂又安宁的日子。因为上次造成的破坏太大，所以整个第三东京市随处都能看到一帮正在维修建筑的工程队。对此上条只能表示，要怪就去怪使徒吧。每天依旧是与绫波丽、明日香和碇真嗣去上课，放学后和两女去基地训练，有空时和碇真嗣谈谈心，日子过得挺充实的。
距夜天使来袭后已经过了一段时间，上条他们在一次训练完后听说了一个重磅信息。为了增加本部的战力，欧洲那边要再运来一台EVA：三号机。其他人听到这个消息可谓是欣喜若狂，但上条却不这么认为。因为在原剧情中的三号机是被使徒侵蚀了的，可以说谁坐上去谁就得死。最近几天，上条一直在考虑两全其美的作战方案，而绫波丽和明日香似乎察觉到了上条的异状。
时间一天天过去，距离三号机从欧洲运抵日本总部的日期也越来越近。出人意料的是，三号机的驾驶员居然是碇真嗣！上条在基地听他说出来的时候可谓是大吃一惊，心里忐忑不安。他不懂该怎样救助他，而碇真嗣解释之时显现出了难得的笑容。“想不到我竟然小看了你啊。”明日香对碇真嗣惊讶道，绫波丽倒没什么，她只是淡淡地笑了笑便搂住了上条的胳膊与他回家了。
在一天晚上，三号机终于从欧洲运到了本部的实验场。葛城美里对碇真嗣成为三号机驾驶员的事略微吃了一惊。平时一副忧郁少年的模样，总不可能是因为上条君的话让他改变了这么多吧？结果还真是这样，碇真嗣在与上条的交流中学到了些东西，那就是：明明有能力做什么但却逃避的话，以后一定会后悔的。
第二天中午，葛城美里和赤木律子开车带着碇真嗣前往实验场，上条、绫波丽和明日香在另一辆车上跟着去了。等到达了那里，他们打量着站在广场上的三号机。黑色的金属机身，头部以外与二号机相同，头部除了没有角以外与初号机相似，这便是原世界中不幸被使徒侵蚀的三号机。上条忧心忡忡地看着碇真嗣和三号机。
碇真嗣换好了战斗服，他现在的战斗服是黑色的，一看还略微有些小帅。他很快就进入了插入栓，过了一会儿赤木律子的声音响起：“开始注水。”然后驾驶舱底部便开始涌进橙色的液体-生命之水。这时驾驶舱的内壁经过一阵色彩斑斓的闪耀后变得跟玻璃一般透明，碇真嗣可以清楚地看见周围的人员和风景。
“三号机启动测试开始，地面人员请尽快撤离。”嘹亮的广播声在实验现场响起，EVA三号机启动测试正式开始。“LCL电荷正常，压力值正常，插入栓无异常。”“主电源连接完毕，内部电源充电完成。”“插入栓传感器正常，误差值在可允许范围内。”“明白，开始进行第二作业。”“二次连接开始。”碇真嗣紧张地握住了操纵杆。
突然，异变陡生。就好像什么东西苏醒一样，从EVA的内部传出“嗡”的一声，紧接着整个驾驶舱的内壁变成了血红色。几乎在同时，尖锐刺耳的警报声像催命符一样响了起来。碇真嗣哪里见过这样的阵势，吓得整个人缩成一团，满脸的恐惧。警报刚刚响起，赤木律子的声音还算镇定：“实验中止，切断回路。”
“砰"的一声，电源插口弹出EVA体内。“不行，EVA体内出现高能反应！”赤木律子大惊：“怎么可能，这难道是…使徒！”碇真嗣现在只能听到从外界传来的声音，听到这话的他全身抱得更紧了，双目无神，似乎已经绝望了。“嗷嗷嗷嗷--”三号机哦不，应该是霰天使发出了野兽般的叫声，随后开始在实验场四处破坏。
实验场内响起一阵噼里啪啦的爆炸声，好在上条早就知道会发生这种情况，所以在霰天使大开杀戒前就拉着绫波丽和其他三女离开了控制室。五人刚来到楼下就看见霰天使直接一掌把控制室给粉碎了个彻底。葛城美里绝望地看着还在大肆破坏的霰天使，身体直接瘫坐在了地面上。绫波丽却充满希望地看向了上条。
上条回过头对葛城美里和赤木律子道：“剩下的三台EVA都没法使用，事到如今我也只能这么做了。”赤木律子像是想到了什么：“难道你要？”明日香一脸疑惑：“你们在说什么？”而绫波丽一把抓住上条的手：“一定要平安回来并救出真嗣君。”“我保证。”上条坚定地道，随后举起左手，古立特指令器显现，“Access FIash”
明日香目瞪口呆地看着面前五十米高的巨人，电光超人古立特，参上。见她一脸难以置信的表情，绫波丽主动当起了解说员，而另外两女心想：“该怎么向碇司令解释呢？”另一边，霰天使早已离开实验场，现在正迈着巨大的步子慢悠悠地山间行走。这时那巨大的身影已经出现在了NERV的作战大屏幕上。
碇司令一副经典的“不好啦，我的手又黏在脸上了”的姿势，目光深邃的看着缓缓前进的霰天使：“发出停止行动信号，强制弹出驾驶舱。”他冷静地命令道。驾驶舱的后盖“砰”的一声炸开，但却依然插在霰天使体内。在它周围有许多白色的粘稠物，似乎是这种东西拉扯着驾驶舱使其弹出失败。伊吹摩耶：“不行，它无法识别停止信号和弹出驾驶舱的代码。”碇司令：“驾驶员呢？"
日向诚：“有呼吸和心跳的反应，但可能已经…”他沉默了一下：“EVANGELION三号机现在废弃…”话还没说完便听到一阵抑扬顿挫的音乐，“难道？”冬月副司令惊讶道而碇司令一脸沉默。“GRIDMAN BABY DAN DAN BABY DAN DAN 闪耀吧”屏幕上一道红色身影飞过，降落在霰天使面前。古立特立马上前阻止它。
古立特一个闪身来到霰天使旁边抓住驾驶舱，似乎想把它强行拽出来。可使徒也不是吃素的，它直接对着古立特就是一脚可却被躲开。因为要救碇真嗣所以古立特无法发挥全部实力，这就让霰天使多了几分胜算。古立特略一思索便有了主意，[火花光束]直接打在了它的脚下，顿时霰天使就陷进了土坑。
“就算心灵受挫也请别畏惧，因为你已经不再是孤身一人”随着这句响起，古立特竟然硬生生地把驾驶舱给拔了出来。随即再一把抓住那白色粘稠物，似乎也想把它拽出三号机体内。就在这时，青叶茂：“使徒体内，出现高能反应，它要自爆！”三号机的身子突然开始慢慢变大，古立特见状更加用力了。
就在这千钧一发之时，古立特居然创造了奇迹，真的把那些白色粘稠物给拔了出来。随即直接往天上一扔，“轰”地一声，使徒直接化为了虚无。由于是在天上自爆的，所以没给地上带来什么大问题。“GRIDMAN BABY DON DON BABY DON DON”随着最后的节拍，三号机停止活动。战斗，胜利结束。
此刻在作战大厅内，冬月副司令：“这孩子救了你儿子呢。”而碇源堂眼睛盯着那巨人，依旧是毫无感情波动，突然，划过一丝常人根本看不见的感谢之意。对三号机的回收已经开始进行，而古立特再次变回了上条回到了实验场中。绫波丽直接跑了过来，被上条温柔地搂进怀里：“我完成约定回来了。”“欢迎回来，当麻。”两人紧紧相拥，明日香看得咬牙切齿，其他两女目瞪口呆。
等他们回到基地才知道，碇真嗣活了下来而且身体居然完好无损，只需休息几天就能恢复。而且他竟然没有受到使徒的精神污染！好吧，不愧是主角，这气运真逆天。
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